بررسی حادترین مسائل فراروی آموزش عالی به وضوح نشان می‌دهد که دانشگاه ها در هزاره سوم با چالش های عظیمی رو به رو هستند.جهانی شدن و بین‌المللی شدن و همچنین،انقلاب در فناوری اطلاعات،دانشگاه ها را وادار به شرکت در بازارهای رقابتی آموزش و پژوهش ‌کرده‌است،به علاوه اینکه کاهش حمایت های دولتی و خصوصی و هزینه های در حال افزایش، دانشگاه ها را وادار خواهد ساخت تا اقدامات غیر معمولی را در جهت عرضه خدمات بیشتر با منابع کمتر به عمل آورند(مشرف جوادی،کورنگ بهشتی،محمدی اصفهانی،۱۳۸۷).بدیهی است که دانشگاه ها مجبور خواهند بود خود را به سرعت با این محیط در حال تغییر مطابقت دهند تا جایگاه ویژه ای را که در طول دوران گذشته به دست آورده اند،حفظ کنند و مسئولیت خود را به عنوان حافظ ارزش های اجتماعی و میراث فرهنگی به انجام برسانند.(مشرف جوادی،کورنگ بهشتی،محمدی اصفهانی،۱۳۸۷)

دانشگاه ها مسلماًً یکی از ‌پیچیده ترین نهادهایی هستند که بشر تا به حال به وجود آورده است.این نهادها در طول قرن ها در تمامی کشورها و عمدتاً در اروپا،رشد و توسعه یافتند،تا این که در دهه طلایی ۱۹۶۰ در بسیاری از کشورهای جهان تبدیل به عناصر با اعتبار جامعه،چه به صورت دولتی و جه به صورت خصوصی گردیدند(همان منبع).برخی از مهم ترین چالش های آموزش عالی در ایران و جهان عبارتند از:محیط در حال تغییر، رسالت ها،آموزش دانشجویان،حرفه علمی،تامین مالی آموزش عالی،اداره امور دانشگاه ها،سیاست گذاری ها،همکاری های علمی بین‌المللی،مدیریت و ساختار،تقاضای اجتماعی.( مشرف جوادی،کورنگ بهشتی،محمدی اصفهانی،۱۳۸۷)

از دیگر چالش های آموزش عالی باید اذعان نمود که با توجه به سابقه تاریخی دانشگاه ایرانی،می توان به بحران های دانشگاهی ایران در برخورد با جامعه و فرهنگ ایران پی برد؛اولین نکته آن است که تا به حال ،نه دانشگاه و نه جامعه به یک تعامل ساختار مند و سازمان مند و روشن نرسیده اند(فیاض،۱۳۸۲).جامعه هنوز نقش دانشگاه را برای خود به طور کامل نپذیرفته است و دانشگاه هم نقش خود در جامعه را به صورت روشن تعریف نکرده است،به طوری که دانشجویان بعد از ورود به دانشگاه از جامعه فاصله می گیرند تا چه رسد به اساتید دانشگاه (فیاض،۱۳۸۲: ۹) .

تحولات آینده در جهان و تحولات جمعیتی ایران هر دو نشان دهنده چالش های مهمی هستند که برای توسعه پایدار ایران باید مورد توجه قرار گیرند.افزایش سهم دانش در کلیه امور توسعه چشم گیر خواهد بود و امکان توسعه در دنیای آینده بدون اتکای وسیع و گسترده بر دانش وجود نخواهد داشت. (نوروز زاده ، فتحی واجارگاه ، ص ۲۷ ) .نقش دانشگاه ها به عنوان مراکز علمی در کشور ، در فرایند تولید و به کارگیری دانش اهمیت ویژه ای دارد و با توجه به تحولات آینده در جهان و وضعیت جمعیتی کشور فعالیت های دانشگاهی و اولویت ها بازنگری شود(مکنون،۱۳۸۳ : ۴۰۵ )

دانشگاه ها و مراکز علمی کشور ، علاوه بر نقش های فعلی که در آموزش و تحقیقات به عهده دارند ،محورهای زیر را می‌توانند مورد توجه قرار دهند.(مکنون،۱۳۸۳: ۴۰۶):

۱-مدیریت دانش.یکی از تحولات مهم در دانشگاه ها ایفای نقش مدیریت دانش است.امروزه ، به علت وجود اطلاعات و دانش گسترده در مراکز علمی داخل و خارج کشور ،دانشگاه ها به عنوان مراکز علمی و آگاه می‌توانند نقش مدیریت دانش را برای سهولت دسترسی به دانش و پردازش آن ایفا نمایند.ایفای چنین نقشی به خصوص در کشورهای در حال توسعه که دانش به کار گرفته نشده در آن ها بسیار زیاد است،می‌تواند جهش مهمی در فرایند توسعه به وجود آورد(همان منبع).

۲-اشاعه دانش.در حال حاضر ، اشاعه دانش از سوی دانشگاه ها بیشتر از طریق تربیت نیروی انسانی صورت می‌گیرد.دانش زیادی در مراکز علمی دانشگاه ها وجود دارد که با مدیریت مناسب می توان آن را ، علاوه بر دانشجویانی که در زمان تحصیل به آن دسترسی پیدا می‌کنند ، در معرض استفاده عموم و علاقه مندان نیز قرار داد(مکنون،۴۰۶:۱۳۸۳)

ایجاد پایگاه های اطلاعاتی با حضور مشاوران علمی (که می توان از دانشجویان نیز در این امر بهره برد) در جوار دانشگاه ها که قابلیت دسترسی فیزیکی و یا مجازی داشته باشد، می‌تواند به قشر مهمی از جامعه که برای حل مشکلات خود نیاز به اطلاعات و دانش دارند ، همراه با مشاوره علمی عرضه نمود(مکنون،۱۳۸۳).

۳-آموزش مادام العمر و آموزش برای همه.سرعت تحولات محیطی در جامعه و جهان به میزانی است که کسب دانش در یک دوره کوتاه تحصیلی قادر به پاسخ گویی نیاز در زمان اشتغال فرد نخواهد بود. ایجاد جامعه پویا و توانا برای ‌پاسخ‌گویی‌ به نیاز ها احتیاج به آموزش مادام العمر دارد.بخش آموزش عالی باید سهم مناسبی در آموزش عالی مادام العمر داشته باشد(همان منبع). حضور مراکز علمی در این گونه برنامه ها و ارائه مستقیم آموزشی مطابق با آخرین دستاوردهای علمی جهان،ابداع و نوآوری دو روش علمی آموزشی برای سهولت دسترسی همه اقشار جامعه در چنین برنامه هایی می‌تواند آموزش مادام العمر را از حرف به عمل تبدیل کند(مکنون،۱۳۸۳).

۴-مراکز مطالعات و تحقیقات آینده نگر. در نگرش توسعه پایدار،شناخت و پیش‌بینی آینده و مآل اندیشی در برخورد با تحولات آینده اهمیت بسیار دارد.در جامعه علمی و آگاه به مراکز متعددی برای مطالعات آینده نیاز خواهد بود(همان منبع).در کشورهای در حال توسعه،به علت محدود بودن نیروهای علمی خارج از دانشگاه ‌ها و مراکز علمی،ضروری است دانشگاه ها سهم مناسبی از فعالیت های خود را به مطالعات آینده نگر اختصاص دهند(مکنون،۱۳۸۳).

۵-زمینه‌های میان رشته ای و تلفیق دانش ها. به کارگیری دانش در جامعه،به خصوص در زمینه‌های اجتماعی و فرهنگی،نیاز به تلفیق موضوع ها در زمینه‌های مختلف علمی دارد.تلفیق زمینه‌های علمی باید در سطح دانشگاه ها و از طریق تأسيس رشته ها و دانشکده های مأموریت گرا انجام گیرد(همان منبع)..

۶-ارتقای سطح خلاقیت.خلاقیت موتور توسعه دانش عمل می‌کند.با شناختی که از فرایند توسعه خلاقیت به دست آمده،فرایند خلاقیت و آموزش آن به عنوان یکی از ارکان دانشگاه و مراکز علمی قرن جدید مورد توجه است.اشاعه تفکر خلاق در همه زمینه‌های درسی،ارائه دروس مشخص در زمینه خلاقیت،ایجاد مراکز مطالعات و تحقیقات ویژه خلاقیت در زمینه‌های مختلف مناسب خواهد بود(مکنون،۴۰۶:۱۳۸۳).